1) Database of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) located in the protein coding region

タンパク質立体構造データ(PDB)とSNPデータ(dbSNP)をマッピングしたデータベースです。検索画面で入力したパラメータをもとにSNPがマッピングされた タンパク質を検索します。タンパク質の立体構造データをダウンロードしRasMolへ入力すると、タンパク質立体構造と共にSNPを表示することができます。

タンパク質立体構造データとSNPデータのマッピングは、以下の手順で行っています。

SNPデータとタンパク質アミノ酸配列データ（RefSeq）をマッピングする。 （この情報はdbSNPより取得）

タンパク質アミノ酸配列データと相同なタンパク質立体構造データ（PDB）を、Blastで検索する。

Identityが95%以上の相同性をもつタンパク質立体構造データにSNPをマッピングする。

RasMolでは以下の色で原子を表示します。

asa_std <= 30%   asa_std > 30%

2) Database of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) located in the gene regulation region

遺伝子制御領域にSNPをマッピングしたデータベースです。遺伝子制御領域はGenomeデータから取得し、dbSNPデータをマッピングしています。検索画面で入力したパラメータをもとに遺伝子制御領域にSNPがマッピングされた遺伝子を検索します。